To-etagers containerhuse udnytter lejerummet bedst muligt på kompakte grunde ved at stable vertikalt. Designet placerer typisk fællesområder (køkken, stue) i stueetagen og private områder (soveværelser, badeværelser) ovenpå, forbundet med indvendige eller udvendige trapper. Stabil konstruktion sikres gennem forstærkede forbindelser mellem containerne og ekstra stålunderstøtning, hvor det er nødvendigt. Den nedre etage har ofte betonfundamenter eller pæle, som løfter konstruktionen for at beskytte mod oversvømmelse eller for at opnå et mere attraktivt udtryk. Store vinduer og glasdøre på begge niveauer sikrer visuel sammenhæng mellem etagerne og med omgivelserne. Udendørs terrasser eller balkoner forlænger lejerummet udad. Nogle designs har udhængende øverste containere, som skaber dækkede udendørsområder nedenfor. Den vertikale opstilling åbner for interessante indvendige rumvolumener, fx dobbelte højder eller mellemetager. Eksteriørbehandling kan variere mellem etagerne – fx industrielt metal nede og træbeklædning ovenpå. Disse huse har også god termisk ydeevne, da varmen naturligt stiger op gennem etagerne. Omhyggelig planlægning af trappeform og vinduesplacering sikrer behagelig cirkulation og rigtig meget dagslys i begge etager. Den vertikale konfiguration er især velegnet til bygrunde eller steder med udsigt, hvor det er vigtigt at få mest muligt ud af udsigten.