Екі қабатты контейнер үйлері вертикаль қабаттасу арқылы шағын аумақта өмір сүру кеңістігін ең үлкен деңгейде пайдалануға мүмкіндік береді. Мұндай жобада әдетте жалпы кеңістіктер (асхана, жатын бөлме) төменгі қабатта, ал жеке кеңістіктер (ұялы бөлмелер, душ бөлмелер) жоғары қабатта орналасады, олар ішкі немесе сыртқы баспалдақтар арқылы байланысады. Контейнерлердің тұрақтылығын қамтамасыз ету үшін құрылыстық инженерия қолданылады, сонымен қатар контейнерлердің арасындағы бекітпелер күшейтіледі және қосымша болат тіректер қажет болуы мүмкін. Төменгі қабат әдетте бетон негізі немесе тіреулермен орындалып, су тасқынынан қорғау немесе эстетикалық тұрғыдан ғимаратты көтеріңкі етіп салуға болады. Екі қабатта да орналасқан үлкен терезелер мен шыны есіктер едендер арасындағы көру байланысын және сыртқы ортамен байланысты сақтап тұрады. Жоғарғы қабаттағы дәліздер немесе балкондар өмір сүру кеңістіктерін сыртқа ұзартады. Кейбір жобаларда жоғарғы контейнерлердің шеті төменгі бөліктің үстіне шүйірленіп салынады, сондықтан төменгі жағы жабындалған сыртқы кеңістік пайда болады. Вертикаль орналасу ішкі көлемдерді қызықты түрде жасауға мүмкіндік береді, мысалы, екі қабатты бөлмелер немесе аралық деңгейлер жасалуы мүмкін. Сыртқы өңдеу қабаттар бойынша әртүрлі болуы мүмкін – мысалы, төменгі бөлігінде өндірістік метал, жоғарыда ағаш қаптама қолданылуы мүмкін. Бұл үйлерде жылу әр деңгей арқылы жоғары көтерілуіне байланысты үйдің жылу үнемдеу көрсеткіштері жақсы болады. Баспалдақтың жобалауы мен терезелердің орналасуындағы ұқыпты талаптар екі қабатта да ыңғайлы циркуляция мен көп мөлшерде табиғи жарықты қамтамасыз етеді. Вертикаль конфигурация көрініс шетіндегі немесе қалалық аумақтарда көрінетін көріністерді пайдалану үшін өте тиімді.