이층 컨테이너 주택은 수직 적층을 통해 좁은 대지 위에서도 거주 공간을 극대화합니다. 일반적으로 주방과 거실과 같은 공용 공간은 1층에, 침실과 욕실과 같은 개인 공간은 계단실 내지 외부 계단을 통해 연결된 2층에 배치됩니다. 구조 공학을 통해 안정성을 확보하며, 컨테이너 간 연결부를 보강하고 필요 시 추가적인 철골 지지대를 설치합니다. 하부는 홍수 방지나 미관상 구조물을 들여올리기 위해 콘크리트 기초나 기둥이 사용되기도 합니다. 두 층 모두 대형 창문과 유리문을 설치해 층간 및 실외와의 시각적 연계성을 유지합니다. 2층의 경우 베란다나 발코니를 외부로 확장해 생활 공간을 넓힐 수 있습니다. 일부 설계는 상부 컨테이너를 캔틸레버 구조로 돌출시켜 아래층에 그늘진 외부 공간을 만드는 방식으로 활용하기도 합니다. 수직 배치를 통해 흥미로운 실내 공간 구성이 가능하며, 복층 높이 공간이나 중간 층(mezzanine)을 계획할 수도 있습니다. 외부 마감재는 층별로 다르게 적용할 수 있으며, 예를 들어 하단은 산업적인 금속 소재를, 상단은 목재 패널을 사용할 수 있습니다. 이러한 주택은 열이 자연스럽게 상층으로 올라가는 원리를 활용해 우수한 단열 성능을 보여줍니다. 계단 설계와 창문 배치에 신경 써서 두 층 모두 편안한 동선과 풍부한 자연광을 확보할 수 있습니다. 수직 구조는 특히 도시 지역이나 경관이 뛰어난 지역에서 전망을 극대화해야 할 때 매우 유용합니다.