İki katlı konteyner evler, dikey olarak istiflenerek kompakt alanlarda yaşam alanlarını maksimize eder. Tasarım genellikle ortak kullanım alanlarını (mutfak, oturma odası) zemin kata ve özel alanları (yatak odaları, banyolar) iç veya dış merdivenlerle birbirine bağlanan üst kata yerleştirir. Yapısal mühendislik, konteynerler arasındaki güçlendirilmiş bağlantılar ve ihtiyaç duyulduğunda ek çelik destekler sayesinde yapısal stabilite sağlanır. Alt seviye genellikle sel koruma ya da estetik nedenlerle yapıyı yükseltmek için beton temeller ya da kolonlar üzerine oturtulur. Her iki seviyede de bulunan büyük pencereler ve sırlı kapılar, katlar arasında ve dış mekânla olan görsel bağlantıyı korur. İkinci kat balkonları veya dış mekânları yaşam alanlarını genişletir. Bazı tasarımlarda üst konteynerler, alt kısımda kapalı dış alanlar oluşturmak için konsol olarak uzatılır. Dikey yerleşim, çift yükseklikli alanlar ya da ara kat seviyeleri gibi seçeneklerle ilginç iç hacimler oluşturulmasına olanak tanır. Cephede katlar arasında farklılıklar olabilir; örneğin alt kısımlar endüstriyel metal, üst kısımlar ise ahşap kaplama olabilir. Bu evler, ısı doğal olarak katlar boyunca yükseldiği için mükemmel termal performans gösterir. Merdiven tasarımına ve pencere yerleştirmesine dikkat edilerek her iki katta da konforlu bir dolaşım ve bol miktarda doğal ışık sağlanır. Dikey yapı, özellikle şehir parselleri ya da manzaradan maksimum yararlanmak istenen yerler için oldukça değerlidir.